どのルートでもクリアしなければならないシナリオは強調してあります。マップの凡例はこちら。
| 「国立博物館」（飛鳥、慶太、桜子、ジョーカー、味方に。クリア後、インプ、味方に、渋谷にSHOP） | ||||||
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| 「代々木公園」（チャーリー、味方に。クリア後、ピクシー、味方に、新宿にSHOP） | ||||||
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| 「ネオコーストシティ」（クリア後、アザエル、ムハマド、味方に、有明にSHOP） | ||||||
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| 「新宿」（麗華、味方に） | ||||||
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| NET「仮想空間シェオール」（クリア後、有明にREMIX。有明にREMIX出現後、中野から荻窪、品川から川崎にMOVE。品川、川崎、横浜、荻窪にShop。吉祥寺、横須賀にRAG） | ||||||
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| 立川「立川米軍基地跡地」（マリア、ソロモン、味方に。クリア後、新宿にNET） | 横須賀「米軍海兵隊基地」（マリア、ウィリー、味方に。クリア後、新宿にNET） | |||||
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| NET「仮想空間ドゥアト」（クリア後、SHOPの防具が増える。ムハマド、抜ける） | ||||||
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| 「川崎」（かんたろう、味方に） | ||||||
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| 川崎「ネットシステム社」（シスオペ、味方に。クリア後、本郷に行ってから、REMIXにDISK2） | ||||||
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| ↓ | REMIX「サタデーの演習１回目」 | |||||
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| 鎌倉「総合病院」（クリア後、アザエル、抜ける） | ||||||
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| 鎌倉「衣川の戦い」（クリア後、鎌倉にもREMIX） | ||||||
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| NET「仮想空間カイーナ」（ジョーカー、抜ける。クリア後、ムハマド、味方に。目黒に行くと、本郷にFIGHTが出る） | ||||||
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| ↓ | REMIX「サタデーの演習２回目」 | |||||
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| ↓ | 吉祥寺「悪魔たちの反乱」 | |||||
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| 本郷「Ｔ大学構内」（クリア後、麗華、抜ける。リリム、アザエル、味方に。本郷にREMIX） | ||||||
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| ↓ | REMIX「サタデーの演習３回目」 | |||||
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| 本郷「ティアワナコ」（クリア後、「サタデーの反乱」クリアまでREMIX（DISK2）使用不可） | ||||||
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| ↓ | NET「ねじれた仮想空間」 | |||||
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| REMIX「サタデーの反乱」（ムハマド、抜ける。クリア後、SHOPのアイテムが変わる） | ||||||
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| ↓ | Remix「サンデーの演習」 | |||||
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| 池袋「池袋市街戦」（クリア後、池袋にRAG。本郷、新宿、川崎にNET） | ||||||
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| NET「仮想空間アンティノーラ」（クリア後、本郷に？） | ||||||
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| ↓ | REMIX「サンデーの演習」 | |||||
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| 本郷「魔女の処刑」 | ||||||
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| ↓ | REMIX「サンデーの演習」 | |||||
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| 「八王子」（クリア後、八王子にMOVE） | ||||||
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| ↓ | REMIX「サンデーの演習」 | |||||
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| 山中湖「富士」（クリア後、山中湖に？。SHOPの武器が変わる） | ||||||
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| ↓ | REMIX「マンデーの演習１回目」 | |||||
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| 山中湖「黄泉比良坂」（クリア後、ハードモードの場合はセーブできない。ノーマルモードの場合でもワールドマップには戻れない） | ||||||
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| 冥界「エレボス」（クリア後、東京解放戦「多摩川」か東京解放戦「吉祥寺」クリアまで、荻窪・川崎から２３区内に入れなくなる。横浜、茅ヶ崎にFIGHT。川崎にNET） | ||||||
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| NET「仮想空間エレボス」（麗華、味方に。クリア後、SHOPのアイテムが変わる。北富士にFIGHT） | 「茅ヶ崎」（クリア後、鎌倉に行くと、ムハマド、味方に） | 「横浜」（クリア後、エスパーベビー、味方に） | REMIX「マンデーの演習１回目」 | |||
| （「仮想空間エレボス」をクリアしない限り、「マンデーの演習１回目」は「茅ヶ崎」「横浜」クリア後までプレイ可能。「仮想空間エレボス」をクリア後は「マンデーの演習２回目」となる） | ||||||
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| ↓ | REMIX「マンデーの演習２回目」 | |||||
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| 北富士「北富士演習場」（クリア後、多摩川と吉祥寺にFIGHT） | ||||||
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| ↓ | ↓ | REMIX「マンデーの演習２回目」 | ||||
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| 東京解放戦「多摩川河川敷」（クリア後、中野にMOVE。２３区内に入れるようになる。渋谷にFIGHT） | 東京解放戦「吉祥寺」（クリア後、中野にMOVE。２３区内に入れるようになる。新宿にFIGHT） | |||||
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| ↓ | ↓ | REMIX「マンデーの演習２回目」 | ||||
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| 東京解放戦「渋谷」（クリア後、銀座にFIGHT） | 東京解放戦「新宿」（クリア後、銀座にFIGHT） | |||||
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| ↓ | ↓ | REMIX「マンデーの演習２回目」 | ||||
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| 銀座 東京解放戦「生贄の祭壇」 | ||||||
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| 魔界に行く（こちらの世界には二度と戻れない） | 魔界に行かない | |||||
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| 「憤怒界」 | 「闇冥界」 | 「冥殺界」 | 銀座「滅亡の時」 （エンディング１） | |||
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| 憤怒界、闇冥界、冥殺界を全てクリアして、冥殺界にて選択 | ||||||
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| 魔神に転生する | 魔神に転生しない | |||||
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| 「屍魔空」（セーブ不可） （エンディング２） | 「屍魔空」 （エンディング３） | |||||